Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Khairun membawahi 4 (empat) Program Studi, yakni :
1. Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan
2. Program Studi Budidaya Perairan
3. Program Studi Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan, dan
4. Program Studi Ilmu Kelautan.